PRM靶向蛋白质组

PRM Targeted Proteomics

PRM靶向蛋白质组
PRM是一种基于高分辨、高精度质谱的离子检测技术,能够对目标蛋白质、目标肽段进行选择性检测,从而实现对目标蛋白质或肽段进行定量。
应用范围

生物医学

  基础研究:生理、病理、药物作用机制

  临床诊断研究:Biomark发现、药物筛查

  精准医疗:药物开发、个体化治疗

生命科学研究

  植物生物学:抗逆胁迫机制,生长发制,育种保护研究等

  畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等

  食品营养:储藏条件优化,品质鉴定,安全监检测等

帕诺米克优势

1. 质量精度达到ppm级,能够比SRM/MRM更好地排除背景干扰和假阳性,有效提高复杂背景下的检测限和灵敏度

2. 对子离子进行全扫描,无需选择离子对和优化碎裂能量,更容易进行方法学建立

3. 更宽的线性范围:增加至5-6个数量级

样本要求

动物组织 ≥ 100mg

植物组织 ≥ 100mg

微生物 ≥ 20mg

细胞 ≥ 107

细胞培养液上清蛋白:10cm培养皿一盘

蛋白提取物 ≥ 100µg

细胞液培养液外泌体:15cm培养皿一盘

体液:血清/血浆 ≥ 200µL

尿液 ≥ 10ml

唾液 ≥ 500µL

脑脊液 ≥ 1ml

泪液 ≥ 0.1mL

支气管灌洗液 ≥ 3ml

外泌体 ≥ 10微升,PBS存储

FFPE石蜡包埋切片 ≥ 0.3mm * 0.3mm

样本的保存:液氮 或 -80℃保存

样品运输:干冰运输

生物学重复
为排除个体差异,建议对于临床样品,生物学重复 ≥ 6;对于培养的细胞、微生物、动物模型及植物,生物学重复 ≥ 3。
案例分析

四极飞行时间质谱平行反应监测靶向脂质体定量的工作流程开发

发表时间:2017年
期刊:Analytica Chimica Acta
影响因子:5.256

随着有更快扫描能力和更高灵敏度的高分辨率质谱仪的发展,使这些仪器的功能超出了目标代谢组学中传统的数据相关采集。除了传统的多反应监测策略外,平行反应监测(PRM)策略也被用于靶向代谢组学定量。全扫描(MS1)和串联质谱(MS/MS)扫描的高分辨率和质量精度通过监测每一个目标前体的所有MS/MS碎片离子同时提供了足够的选择性,同时提供了在分析方法构建和采集后数据分析中的灵活性。本研究使用正交四极飞行时间液相色谱-质谱系统(QTOF-MS),研究了使用预定PRM的大规模靶向脂质体分析的适用性。该方法检测了血清中15大类共222种脂类。使用化学标准品和血清样品评估稳定性、重现性和定量性能。最后,展示了基于PRM的靶向代谢工作流在系统性红斑狼疮中的应用。结果表明,11个脂类大类中有63种类脂发生了显著变化。总之,本文首次在Q-TOF平台上使用PRM获取策略建立了靶向脂质体工作流程,为靶向代谢组分析提供了另一个强大的工具。

图1 使用PRM获取策略的目标代谢工作流程概述

图2 靶向脂质体检测方法的建立

参考文献
Juntuo Zhou et al., Workflow development for Targeted Lipidomic Quantification Using Parallel Reaction Monitoring on a Quadrupole-Time of Flight Mass Spectrometry. Anal Chim Acta. 2017 Jun 15;972:62-72.