DIA蛋白质组

DIA Proteomics

DIA蛋白质组
数据非依赖型采集模式(Data-Independent Acquisition, DIA)逐渐崭露头角。相较于DDA数据采集模式在一级质谱中在每个时间窗口采集强较高的有限肽段离子(通常是TOP20)进入二级质谱进行碎裂分析。DIA将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂及检测,从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息。
应用范围

生物医学

  基础研究:生理、病理、药物作用机制

  临床诊断研究:Biomark发现、药物筛查

  精准医疗:药物开发、个体化治疗

生命科学研究

  植物生物学:抗逆胁迫机制,生长发制,育种保护研究等

  畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等

  食品营养:储藏条件优化,品质鉴定,安全监检测等

帕诺米克优势

1. 使用全球顶尖仪器设备Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos进行检测

2. 无歧视地获得所有肽段的信息,不会造成低丰度蛋白信息的丢失

3. 循环时间固定,扫描点数均匀,定量准确度高

4. 肽段的选择没有随机性,数据可以回溯,对于复杂蛋白样本,特别是低丰度蛋白具有更优异的重现性等优势

样本要求

动物组织 ≥ 100mg

植物组织 ≥ 100mg

微生物 ≥ 20mg

细胞 ≥ 107

细胞培养液上清蛋白:10cm培养皿一盘

蛋白提取物 ≥ 100µg

细胞液培养液外泌体:15cm培养皿一盘

体液:血清/血浆 ≥ 200µL

尿液 ≥ 10ml

唾液 ≥ 500µL

脑脊液 ≥ 1ml

泪液 ≥ 0.1mL

支气管灌洗液 ≥ 3ml

外泌体 ≥ 10微升,PBS存储

FFPE石蜡包埋切片 ≥ 0.3mm * 0.3mm

样本的保存:液氮 或 -80℃保存

样品运输:干冰运输

生物学重复
为排除个体差异,建议对于临床样品,生物学重复 ≥ 6;对于培养的细胞、微生物、动物模型及植物,生物学重复 ≥ 3。
案例分析

利用了DIA技术,研究补体系统与精神异常的关系

发表时间:2019年
期刊:Molecular Psychiatry
影响因子:11.973

补体级联是免疫系统的重要组成。越来越多的证据表明,补体系统异常与精神疾病有密切关系。为了进一步证明两者之间的关系,研究者对来自于UK avon longitudinal study of parents and children (ALSPAC)队列中的血液样本,进行了DIA蛋白质组检测,重点关注其中29个补体级联相关蛋白的表达水平。结果显示,6个蛋白的表达水平与精神异常相关。利用大鼠慢性应激模型,该研究结果进一步表明:慢性应激可能引起补体通路异常,与精神异常有显著相关性。

图1 差异蛋白丰度图

图2 通路相关的差异蛋白

参考文献
Föcking M et al., Complement pathway changes at age 12 are associated with psychotic experiences at age 18 in a longitudinal population-based study: evidence for a role of stress. Mol Psychiatry. 2019 Jan 11.