老司机带路之代谢与基因相关数据库

发布日期:2019-08-08 00:00   来源:帕诺米克微信公众号   阅读: 67

灵魂三拷问:

一、还记得上次老司机带路是什么主题吗?

二、还记得上次老司机带路天气如何吗?

三、还记得上次老司机是几分钟吗?


不记得,不清楚,不知道。

啊看来三击全中,灵魂重组中……

想知道答案的小主可以点击文章结尾阅读全文可以复习知识点,温故而知新嘛。

本期老司机今天又要开讲了~

这一期主题:代谢与基因相关的数据库;天气:巨热;时间:这次你说几分钟就几分钟。






1. KEGG

http://www.kegg.jp/

    偏重于代谢通路和整合代谢、基因和蛋白通路信息。特点是收录全,包括基因、蛋白和代谢产物等信息,缺点是缺少这些代谢产物在生物体内的浓度、功能和疾病相关信息。包含来自多种生物体(> 4,700)的代谢途径(495个参考途径)的最完整和广泛使用的数据库之一。目前,KEGG拥有17,000种化合物(来自动物,植物和细菌),10,000种药物(包括不同的盐形式和药物载体)和近11,000种聚糖结构。


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2. HumanCyc

https://humancyc.org/

    HumanCyc是描述人类代谢通路和基因组信息的数据库。该数据库的主要特点是有人体细胞内代谢通路总体图,用户可以点击扩大或者缩小查看具体的某个代谢通路,点击某个节点(代谢产物),可以获得该代谢产物的化学结构图,化学式,以及相应的生化反应。所得的途径/基因组数据库(PGDB)包括关于28,783个基因,它们的产物以及它们催化的代谢反应和途径的信息。


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3. Reactome

http://www.reactome.org/

    该数据库的目标是为通路知识的可视化,解释和分析提供直观的生物信息学工具,以支持基因研究,基因组分析,建模,系统生物学。Reactome具有 > 9,600种蛋白质,9,800个反应和2,000个人类途径的数据和途径图。


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4. BioCyc

https://biocyc.org/

    BioCyc是代谢途径的模型生物体数据库的集合,包括反应,酶,基因和底物化合物。BioCyc集合中的每个数据库描述了单个生物体的基因组和代谢途径,除了MetaCyc数据库,其是来自许多生物体的代谢途径的参考来源。是7,615路径/基因组数据库的集合。


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蛋白与药物相互作用数据库


BindingDB

http://www.bindingdb.org/bind/index.jsp

    该数据库主要侧重于相互作用的蛋白质被认为是候选药物靶标与小的、药物类分子的配体。包含1295380个结合数据。6673个蛋白质靶标和572129个小分子。


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基因与药物相互作用数据库


1. DGIdb

http://dgidb.org/

    该数据库将药物与基因匹配起来。主要包括了癌基因,但是也有一些其他疾病(例如阿尔兹海默病、心脏病、糖尿病等)的相关基因。包括了超过14000种药物-基因的相互作用,涉及了2600个基因和6300中靶向这些基因的药物,还包括了6700个其他的基因,这些基因很有可能成为未来药物的靶标。使用者们输入一个基因的名字或许多基因的列表就能检索得到靶向它们的药物。检索结果提供了针对每一个基因的药物的名字和药物的细节,例如药物是一个抑制剂、抗体、疫苗还是其他类型。如果选择的话,搜索结果还能给出更多更深入的信息来源。


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2. PharmGKB

    https://www.pharmgkb.org/

    它是由美国国立卫生研究院(NIH)创建,收集了史上最完整的与药物基因组相关的基因型和表型信息,并将这些信息系统地归类。截至2016年7月,该数据库收录了与3579 种药物和3410种疾病相关27007个基因的资料。提供了117个药物代谢通路,尤其是pharmacokinetics (PK)以及pharmacodynamics (PD)通路。


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基因突变数据库


HGMD

    是由位于英国卡尔地夫医学遗传研究所(theInstituteofMedicalGeneticsinCardiff,Wales)构建的,HGMD从大约250种期刊中收集突变信息,用计算机和手工结合的方法来扫描这些期刊以寻找相关报道。包括在编码区、调控区和剪接区域的点突变,还包括插入、缺失、复制及重复,最近加入了疾病相关的多态。突变信息主要包括染色体定位、突变类型列表和相关的表型列表,并将基因内所有突变定位到HGMD的参考序列上;此外还链接到OMIM、GDB、GenAtlas和相关单一位点突变数据库。


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基因和疾病相关数据库


OMIM

    http://www.omim.org/

    OMIM是一个全面,权威的人类基因和遗传表型的纲要,是免费提供和每日更新。 OMIM中的全文,参考概述包含关于所有已知的孟德尔疾病和超过15,000个基因的信息。 OMIM关注表型和基因型之间的关系。它每天更新,并且条目包含到其他遗传资源的丰富的链接。


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    本期老司机带路到此结束,小主们回去记得时常练习哦~