3分钟带你掌握代谢组学数据库|老司机带路轻松又愉快

发布日期:2019-06-28 00:00   来源:帕诺米克微信公众号   阅读: 212


        多日的细雨和风逐渐吹散了夏日的炎热,是时候坐下来看看文章聊聊天,顺手再处理处理数据写写论文,气定神闲也不耽误高分文章产出,简直不能更开心。

        对于任何一个研究领域来说,专业的数据库都是强有力的助攻,代谢组学也不例外。所以,今天的主题就是介绍各种好用的代谢组学数据库。



一、 HMDB

        人体代谢组数据库(HMDB)是一个免费的电子数据库,包含关于人体小分子代谢产物的详细信息,其应用领域包括代谢组学、临床化学、生物标志物的发现。该数据库包含114,026个代谢物记录,包括水溶性和脂溶性代谢物,以及被认为是丰富(> 1 uM)或相对稀少(< 1 nM)的代谢物。此外,还有5702个蛋白质序列与这些代谢产物相关。

    http://www.hmdb.ca/

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二、 METLIN

        创建于2003年的METLIN现在包含超过100万个分子,包括脂类、类固醇、植物和细菌代谢产物、小肽、碳水化合物、外源性药物/代谢产物、中心碳代谢产物和毒物。代谢产物和其他小分子已单独分析,以提供经验和在硅质谱/质谱数据。这些数据是在多种仪器类型上生成的,包括SCIEX、安捷伦、布鲁克和沃特斯QTOF质谱仪。

https://metlin.scripps.edu/


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三、 MssBank

        一个网络开放的数据库,旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定。MassBank的数据主要来自日本,但也有来自欧盟、瑞士、巴西和中国的成员提供的数据。MassBank包含了代谢物的质谱信息以及采集情况,这些信息来自于不同的质谱仪设置,包括不同的电离技术例如ESI(60%,占总数据量的百分比)、EI(31%)、CI(2%)、APCI(1.6%)以及MALDI。

http://www.massbank.jp/


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四、 KEGG

        东京基因及基因组百科全书,全书收录了一只各种生物的所有代谢物的代谢途径。支持对代谢网络的搜寻及代谢途径的映射。与代谢组学相关性大的几个模块包括:KEGG PATHWAY,KEGG DISEASA,KEGG COMPOUND,KEGG REACTION。此外该网站还提供在线代谢途径映射和预测工具如KEGG Mapper和PathPred。

https://www.genome.jp/kegg/ligand.html


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五、 PubChem

        有机小分子活性数据库。包含第五信息,化合物结构信息和生物活性信息单个子数据库。

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/


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六、 LIPID MAPS

        包含了生物相关的脂质的结构以及注释。该数据库包含了超过40000个脂质的结构,这使其成为了目前世界上最大的公共脂质数据库。LMSD数据库将所有的脂质分为八个类别,每个类别又具有自己的下一级分类。

http://www.lipidmaps.org/


七、 Golm Metabolome Database

        该数据库是收录了GC-MS平台代谢物分析信息的数据库,其中的条目依据质谱图和保留时间指数分类。

http://gmd.mpimp-golm.mpg.de/


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八、 SYS-TOMONAS

        为了用系统生物学方法研究假单胞菌提供一个完整的生物信息学平台,建立了系统生物学数据库SYSTOMONAS(假单胞菌系统生物学)。包含这一病原微生物的转录组、蛋白组、代谢组和代谢重构信息。

http://www.systomonas.de


九、 BiGG

        该数据库是基因组及代谢网络重建的知识库,将70多个已发布的基因组级代谢网络集成到一个数据库中。BiGG模型中的基因被映射到NCBI基因组注释,代谢产物被链接到许多外部数据库(KEGG、PubChem等)。该数据库收集了7339个代谢物。

http://bigg.ucsd.edu/


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十、 MONA

        是一个以元数据为中心的自动管理存储库,设计用于高效存储和查询质谱记录。内含实验所得质谱以及计算获得的质谱, 现包含20多万图谱。质谱数据库主要靠用户上传不停更新维护, 内含的质谱图数据来源于大量不同的仪器,甚至部分数据存有LC/GC部分数据。

http://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/


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十一、 LipidSearch

        Thermo Scientific™ LipidSearch™ 软件由 Ryo Taguchi 教授和 Mitsui Knowledge Industry Co. (Tokyo, Japan) 联合开发的非,是从 LC-MS 数据获得细胞脂质自动识别和相对定量的有力工具。该 Lipidsearch 软件的功能如下:与 Thermo Scientific 的三重四极杆、离子阱和 Orbitrap LC-MS 系统兼容;包含>150 万脂质离子及其预测碎片离子的脂质数据库;用于子离子、母离子和中性丢失扫描的识别算法;从多个 LC-MS 和 LC-MS 获得的脂质数据的对准n实验;LC-MS 或输注实验所识别脂质母离子的相对定量。


十二、 BioSilico

        是一个网络平台,整合了各类代谢数据库包括LIGAND、ENZYME、EcoCyyc和MetaCyc。

http://mbel.kaist.ac.kr/lab/index_ko.html


十三、 Lipid Library

        AOCS脂质库®是当今领先的脂质科学和技术在线信息来源之一。这个网站是为学生、技术人员、科学家和非专业人士学习更多关于脂质化学和技术。

http://lipidlibrary.aocs.org/


十四、 NuGO

        营养代谢组学数据库,收录了在人类营养代谢组学研究中使用的小分子物质。

http://www.nugowiki.org/


十五、 MetaCyc

        是一个实验数据库,阐明了来自生命各个领域的代谢途径,其中包含来自3009种不同生物体的2722个途径。MetaCyc包含参与初级和次级代谢的通路,以及相关的代谢产物、反应、酶和基因。MetaCyc的目标是通过存储代表性样本的每个实验阐明的途径,来对代谢领域进行分类。

https://metacyc.org/

 

        以上就是今天神助攻的全部内容,希望能给大家锦上添花~



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